يتم التخطيط الدفاعي وتطوير القوى بالكامل من قبل المؤسسة العسكرية، بإشراف ومُشاركة رئيس الجمهورية. وتعتمدُ العملية على الكفاءات الاحترافية، ولكنها تتأثّر بشدّة بالاعتبارات السياسية وتفتقر إلى الضوابط والتوازنات المؤسساتية والمساهمات الاحترافية من القطاعات المدنية التي يمُكن أن تساعد في تحديد التهديدات والاحتياجات الناشئة ومواجهتها. ولا يوجد دليل على إجراء مُراجعاتٍ عامة لقطاع الدفاع، على الرغم من تكليف مجلس الدفاع الوطني في عام 2014 بمسؤولية تحديد هيكلية القوّات المسلّحة وحجمها وتطويرها المُستقبلي ومسائل التدريب والجاهزية.

ولا يتأثر تصميم وإدارة القُدرات العسكرية بالسياسات الحزبية، ولكن إقرار العقود كثيرًا ما يعكس المصالح العسكرية الضيّقة بدلًا من الكفاءة، كاقتناء نُظُم الأسلحة المُتطورة دون التدريب المناسب أو القدرة الكافية على صيانتها. وتخضع القيادة والسيطرة إلى قواعد وإجراءات احترافية، وتتّبع معايير موضوعية، خاصّة في المراتب الصغرى والمتوسطة، لكن الترقية إلى الُرتب العُليا تعتمد، بشكل أكبر، على إظهار الولاء لكبار القادة العسكريين ولرئيس الجمهورية.

ويَمنعُ الدستور تشكيل قُوات عسكرية أو شبه عسكرية غير تلك التي تأذن بها الدولة، وبالفعل لم تظهر قوات على هذه الشاكلة. وتتفوق اعتبارات الولاء على الاحتياجات الدفاعية الموضوعية في تحديد تسلسل القيادة، ويتضح ذلك من خلال الافتقار إلى هيئة أركان مُشتركة وخُضوع المجلس الأعلى للقوّات المسلّحة ووزير الدفاع للسُلطة الرئاسية. ويعتمد تطوير الموارد البشرية العسكرية، بشكل كبير، على الخضوع للهيكليات المؤسساتية الجامدة والانصياع لها، ونادرًا ما يساعد إظهار المُبادرة أو الابتكار على الارتقاء المهني. تُرحب القوّات المسلّحة، عُموماً، بالمُساعدة العسكرية الأجنبية والتدريب الفني، لكنها تتصدّى بشدّة للمشورة في جوانب أخرى تخصّ الشؤون الدفاعية.

تتمتّع القوّات المسلّحة بهوية مؤسساتية قوّية وبمُستوًى عالٍ من التماسك المؤسساتي، وظلّت جديرةً بالثقة في مواجهة التحدّيات والاضطرابات الرئيسة. لكن هذا يعود، بشكل كبير، إلى دورها كشريكٍ في النظام السياسي الحاكم وإلى الأولوية الموكولة لرعايةِ ومُكافأة الولائين السياسي والشخصي، ممّا يُضعف من أهمية الجدارة الاحترافية في تحديد التعيينات القيادية.

وتُطيع القوّات المسلّحة، عُمومًا، الأوامرَ بمُجرد إصدارهَا من قبل رئيس الجمهورية، ولا تولي أولوية للمعايير القانونية، بما في ذلك عند مواجهة المواطنين العُزّل، ما لم تَرَ القوّات المسلّحة مصلحةً سياسيةً لها وراء قيامها بذلك. وتُؤثّر الولاءات الشخصية والشللية القائمة على دفعة التخرّج وفرع الخدمة العسكرية على التعيينات، مع الالتزام بالتسلسل الهرمي العسكري الرسمي. وقد تحدث التوتُّرات بين الأجيال المُختلفة داخل المؤسسة العسكرية، مثلًا بين الضباط الصغار والمُتوسطين، من ناحية، وكِبار الضُباط من رتبة عقيد وما فوق، من ناحيةٍ أخرى، ويعود ذلك، من ناحية، إلى الاختلافات الهامة في مستوى العوائد الماديةِ للضباط، ومن ناحية أخرى إلى الاعتقاد أن الارتكاز إلى الولاء كمعيار أساسي للترقية في سلك كبار الضباط يُقوّض الجاهزية الاحترافية والعملياتية.

ويميل العسكريون إلى اعتبار نُظرائهم المدنيين في الهيئات الحكومية غير أكفّاء أو حتى فاسدين، ممّا يزيد من مُمانعتهم لقبول السُلطة المدنية. ومع ذلك، فإن الضباط في جميع المراتب يعتبرون ظروف عملهم أفضل من تلك الخاصّة بالمُوظّفين المدنيين من نفس الدرجة أو الأقدمية. ولا تعمل برامج المساعدة العسكرية الأجنبية بشكل ملحوظ على تعزيز الاحترافية أو الحياد السياسي أو قبول الإشراف والمُشاركة المدنية في الشؤون الدفاعية لدى القوّات المسلّحة.

إن نظاميْ القضاء العسكري والمدني مُنفصلانِ رسميًّا، لكن يتعدّى القضاء العسكري بشكل كبير على نطاق اختصاص القضاء المدني فبالإضافةً إلى مُحاكمةِ المدنيين المُتهمين بالمُعارضة السياسية، تقوم المحاكم العسكرية بمحاكمة المدنيين المُتورطّين في الأعمال الإجرامية أو حتى الحوادث في المرافق المملوكة للقوّات المسلّحة التي تقدم الخدمات للمواطنين، أو في جوارها، بما في ذلك محطّات الوقود والطرق السريعة والنوادي والمراكز الرياضية ومراكز التسوّق وورشات البناء للأغراض المدنية. ولا يجوز مُقاضاة العسكريين في المحاكم المدنية إلاّ بتُهمٍ تُوجّه بعد تقاعدهم من الخدمة العسكرية، لكن وزارة الدفاع هي من تُحدّد، ومن جانب واحدٍ، ما إذا كان الضباط المُتّهمين بارتكاب الجرائم المالية سيُحاكمون في محاكم عسكرية أم مدنية. وقد يُبقي رئيس الجمهورية كبار الضباط في الخدمة العسكرية الفعليّة مدى الحياة، ممّا يُعفيهم فعليًّا من المُحاكمة في المحاكم المدنية.

إن المراجعة القضائية في نظام القضاء العسكري ضعيفة، حيث أن التوجيه السياسي من الرئيس يُؤثّر على التُهم التي يمكن توجيهها وكذلك نتائج المُحاكمات ضدّ العسكريين في الخدمة الفعلية والمُتقاعدين. ويتجلّى ضعف المراجعة القضائية أيضًا في عدم مساءلة القوّات المسلّحة عن الخسائر في أرواح المدنيين أو مُمتلكاتهم الناتجة عن التطبيق غير السليم لقواعد الاشتباك. تتصرّف القوّات المسلّحة بما يتماشى والتوقُّعات غير الرسمية حول الكيفيةّ التي يجب أن تتصرّف بها أخلاقيًّا، ومع أن سلطة القادة قوية عمومًا، إلاّ أن القوّات المسلّحة تُظهر حِسًّا قويًّا بالحصانة القانونية والتفوّق على المدنيين.

عُمومًا، يُحبّذ ضباط الصف والمنتسبين الامتثال إلى تسلسل القيادة أكثر من الالتزام بالمعايير الأخلاقية. وتُدرّسُ الضوابطُ القانونية الخاصة بالسلوك العسكري وأخلاقيات الحرب في المعاهد العسكرية وتُدْمَجُ في اللوائح العسكرية، ولكن لا يتمّ مُراقبتها أو إنفاذُها بوُضوح من خلال تسلسل القيادة. كما تطمحُ القوّات المسلّحة إلى مُحاكاة القوّات العسكرية المحترفة عالميًا في مجالاتٍ مثل امتلاكِ المُعدّاتِ والقُدراتِ العسكرية، لكن ليس في الالتزام بالقانون الإنساني الدولي. إن التدريب في مسألتيْ القانون الدولي الإنساني وأخلاقياتِ الحرب هو أمر شكلي، ولا يتلقى هذا التدريب سوى الضباط من المراتب المُتوسّطة ​​والعُليا. ويُعتبر أي تأكيدٍ على حقوق الإنسان أو مُدوّنات السلوك القانونية من قبل مُقدّمي المُساعدة العسكرية الأجنبية إجراءً شكليًّا، وليس له تأثيرٌ واضحٌ على تنظيم الأعراف الأخلاقية في صُفوف القوّات المسلّحة المصرية.

إن التعليم العسكري فعّال في ترسيخ التماسك والهوية المؤسساتية للقوّات المسلّحة. ويعتمد الدخول إلى المعاهد العسكرية بشكل أساسي على الإمكانيات، لكن العلاقات غير الرسمية تلعبُ دورًا أيضًا؛ فالمُتقدّمون من العائلات ذات الدخل المُنخفض أو المشتبه بانتماءاتهم الإسلامية يُمنعون من ذلك. كما أن تمثيل الأقباط في أعداد المقبولين لا يتناسب ونسبتهم الفعلية لعدد السكان.  ويرى الضُباط ترابطًا إيجابيًا بين التعليم العسكري والارتقاء المهني في المؤسسة العسكرية، لكنهم يُدركون أيضًا أن العلاقات السياسية والشخصية أو الروابط الأسرية ضروريةٌ للارتقاء إلى المراتب القيادية. وتستثمر القوّات المسلّحة في التعليم العالي للضباط، لكن مُستوى المعرفة الذي يتمتّع به هؤلاء غيرُ واضحٍ.

ويُقدّم الأكاديميّون المدنيون مُحاضراتٍ كأفراد، لكنهم لا يُشاركون في تصميم المساقات. كما أن مُساهمة المؤسسات الأكاديمية المدنية محدودةٌ أو معدومة. ولا تُأسِّس المناهجُ الدراسية العسكرية للقيم المدنية ولاحترام السُلطة المدنية. ويُشاركُ المدنيون والضباط العسكريون في دورات الدفاع الوطني المُشتركة في أكاديمية ناصر العسكرية العُليا، ولكن هذا يهدف، بشكلٍ أساسي، إلى بثّ الأعراف والمعتقدات والآراء السياسية العسكرية بين المدنيين. ويتلقّى الضباط المُكلّفون في الشركات العسكرية بعض التدريبات المتعلقة بالأعمال التجارية، ويُوفّر نظام التعليم العسكري المهارات الفنية والعلمية والهندسية التي قد تكون مُفيدةً للعاملين المُساهمين في الاقتصاد الوطني بعد عودتهم إلى الحياة المدنية، ولكن هذا ليس مُدرجًا في تصميم المناهج التعليمية على مستوى الضباط وضباط الصف.